中国书院制度萌芽于唐，完备于宋，废止于清，前后千余年的历史，对中国封建社会教育与文化的发展产生了重要的影响。
唐末战乱对官学产生极大破坏。学者无处讲学，乃办书院以讲读研习，后逐渐成为风尚。
唐代的书院分为官私两类。私人书院最初为私人读书的书房，唐贞观九年设在遂宁县的张九宗书院，为较早的私人书院。官立书院最初为官方修书、校书或偶尔为皇帝讲经的场所。
北宋初年，私人讲学的书院大量产生。宋代有最著名的四大书院，理宗即位后，将理学定为正统学说，书院教育成为朱熹等理学大师的遗产被官府继承。景定元年朝廷控制书院。
元至元二十八年元世祖首次下令广设书院，后多次颁布法令保护书院和庙学，并将书院等视为官学，是书院官学化的开始。
明初时，宋元留存的书院，多被改建为地方学校和社学，明代书院发展到1200多所。最著名的有江苏无锡东林书院，明朝统制阶级曾先后4次毁禁书院，然而书院有着顽强的生命力，多次毁而不绝。东林书院的对联写道：“风声雨声读书声，声声入耳；家事国事天下事，事事关心。”
清初统治者抑制书院发展，使之官学化。顺治九年（1652）明令禁止私创书院。至光绪二十七年（1901）则令书院改为学堂，书院就此结束。
